De circa 46 MatrixTools® rekenmodules zijn gebundeld in de volgende groepen:
- Constructeurs Toolbox
- Staal+ en Beton+
- Houten balklagen
- Staalverbindingen
- Geotechniek
- MatrixTools® voor Apple en Android
Binnen hetzelfde MatrixTools® projectbestand (extensie .MXFT) kunnen meerdere deelberekeningen gemaakt worden. Elke keer als er een module aangeroepen wordt, verschijnt deze in de projectverkenner, voorzien van een naam (afkorting van de module) aangevuld met een volgnummer.